Le LARHRA est organisé en six axes : Action publique et mondes urbains ; Art, images, sociétés ; Éducation, cultures et constructions sociales ; Genre ; Religions et croyances ; Territoires, économie, enjeux sociétaux) et trois ateliers transversaux : Atelier Sociétés en guerre, Atelier Images-sons-mémoires, Pôle Histoire numérique. Ces équipes sont hébergées, entre autres, à l'ISH Lyon et à la MSH-Alpes.