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Au fil de son histoire depuis 2003, s’était créé un certain déséquilibre entre les équipes qui structurent le LARHRA, l’une d’entre elles rassemblant à elle seule plus du tiers des effectifs scientifiques du laboratoire. Parallèlement, un relatif décalage tendait à apparaître entre le périmètre scientifique affiché par certaines équipes et la réalité des champs couverts par leurs membres. Cette situation résultait de l’histoire du laboratoire depuis ses origines : structuré en 4, puis 5 et 6 équipes au fil des trois premiers contrats, il a connu un renouvellement important de ses membres, notamment avec l’intégration de l’ancien Service d’Histoire de l’Éducation au 1er janvier 2012. Par ailleurs, dans le contexte d’une localisation auprès de quatre tutelles, et malgré les séminaires communs ou le fait que chaque site accueille des chercheurs de plusieurs équipes de l’unité, une certaine tendance à identifier l’une ou l’autre équipe à un site et au budget affecté par sa tutelle, a pu contribuer à brouiller la perception du laboratoire. Enfin, le risque existait que les membres du laboratoire prissent l’habitude de s’identifier d’abord à leur équipe en perdant de vue le périmètre de l’unité et en négligeant les échanges internes sur des objets d’études intéressant des champs historiographiques complémentaires représentés au sein du LARHRA.
Ces constats ont conduit à repenser dans son ensemble la structuration du laboratoire afin de lui donner plus de cohérence et d’équilibre. Cela a permis dans le même temps de renouveler les questionnements scientifiques, en tenant compte à la fois de l’arrivée de nouveaux enseignants-chercheurs et des avancées historiographiques ; la réflexion sur la forme a été indissociable de celle sur le fond. Il a donc été décidé de faire évoluer le LARHRA d’une organisation en équipes à une organisation en axes appuyée sur une gestion centralisée et un budget consolidé affecté sur projets et non plus en fonction d’une clef de répartition forfaitaire par chercheur. Le premier résultat attendu est une plus grande souplesse, une plus grande ouverture dans le positionnement de chaque chercheur au sein du laboratoire et donc une collégialité scientifique plus aboutie. Chaque axe rassemble autour d’une thématique fédératrice des projets portés par des chercheurs ou des groupes de chercheurs. Un même chercheur peut donc inscrire des projets différents dans plusieurs axes, ou choisir de développer les différents volets d’un même projet dans les axes les plus appropriés, afin de profiter de l’environnement le plus favorable. De cette manière, les circulations et les échanges sont facilités ; chaque chercheur devrait désormais s’identifier au LARHRA et non plus d’abord à un groupe au sein de celui-ci. Parallèlement, des transversalités ont été définies comme des espaces de partage, avec une forte dimension expérimentale et prospective, entre des chercheurs relevant de champs historiographiques et travaillant sur des objets différents. Il s’agit d’une part de deux ateliers thématiques et d’autre part du pôle Histoire numérique.
D’une structure en six équipes (Art, imaginaire, société ; Genre et société ; Histoire de l’éducation ; Pouvoirs, villes et sociétés ; Religions, sociétés et acculturation ; Sociétés, économies, territoires) et un pôle (Histoire numérique), le LARHRA est donc passé à une organisation matricielle en six axes (Action publique et mondes urbains ; Art, images, sociétés ; Éducation, cultures et constructions sociales ; Genre ; Religions et croyances ; Territoires, économie, enjeux sociétaux) et trois transversalités : Atelier Sociétés en guerre, Atelier Images-sons-mémoires, Pôle Histoire numérique. Les deux ateliers ont commencé à fonctionner dès le mi-parcours du contrat 2011-2015. Le Pôle Histoire numérique est issu du Pôle méthodes mis en place lors de la création du laboratoire.